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生物肥料簡稱“菌肥”，是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品。它利用微生物的生命活動及代謝產物，改善作物養分供應，為農作物提供營養元素、生長物質，達到調控生長、增強抗逆性，達到提高產量、改善品質、減少化肥使用、提高土壤肥力的目的。通過菌肥中微生物的生命活動，改善作物營養條件，如固定空氣中的氮素，參與養分的轉化，促進作物對養分的吸收;分泌各種激素刺激作物根系發育，抑制有害微生物的活動等。在蔬菜上應用，能預防蔬菜死棵，減輕病害，改良土壤、解除鹽害等特殊作用，而深受菜農歡迎。
1微生物肥料的種類
(1)微生物菌劑。指目標微生物(有效菌)經過工業化生產擴繁后加工制成的活菌制劑，它具有直接或問接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質等作用;應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長、改善農產品品質及農業生態環境。微生物菌劑按內含的微生物種類或功能特性可分為根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑等。
(2)復合微生物肥料。指特定微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。
微生物菌劑里面單純的就是活菌制劑，里面沒有其他營養物質（N+P2O5+K2O，中微量元素，生物菌體蛋白，有機質，活性炭，活性鈣，腐殖酸等），這是微生物菌劑于微生物肥料的最明顯的區別。微生物菌劑里面的菌種純度高，有效活菌數含量≥50億/克。微生物肥料一般是有效活菌數≥2000萬/克。
(3)生物有機肥。指特定功能微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為原料并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。發揮了生物菌“解”的作用，本身又供應了各種營養，是生物菌應用上的一大進步。